研究中心
森林生態與林業生態工程研究中心前身是1954年建所時設立的林業室。本中心以森林和草地生態系統為主要研究對象，研究生態系統生物多樣性與生產力的維持機制，闡釋生態系統尺度碳、氮、水循環及其耦合機制，揭示土壤-植被-大氣連續體中水分與營養物質傳輸過程及動力學機制，為生態系統服務功能提升與科學經營提供理論與技術支撐。中心現有學科組11個，職工53人，其中研究員20人，國家杰出青年基金獲得者1人，優秀青年基金獲得者5人。
土壤生態與農業生態工程研究中心的前身是1954年設立的土壤室和1955年設立的農化室。土壤與農田生態系統為主要研究對象，重點研究農田生態系統C、N微生物轉化循環過程、機制與調控，土壤氮、磷的生物化學轉化過程、作物吸收氮、磷的規律及調控，土壤供肥與作物吸肥規律的生物學機制，建立相應的氮、磷化學肥料的酶學調節、物理包被、和化學改性的技術體系；開展農業管理措施對土壤線蟲群落組成及多樣性的影響，土壤食物網對全球變化的響應機制，土壤線蟲對重金屬及農藥污染的生態毒理效應研究。中心現有學科組12個，職工55人，其中研究員21人。
污染生態與生態環境工程中心前身是1981成立的污染生態學研究室，是我國最早開展土壤-植物系統污染生態學研究的單位。本中心主要面向陸地生態系統與區域可持續發展，圍繞國際環境科學前沿問題以及國家戰略需求，重點研究污染生態過程、環境毒理學、生態修復與污染治理等領域的基礎理論與技術方法，并在有毒有害污染物的生態過程及毒理效應、污染土壤修復與污染場地治理、水體污染控制與水質改善、固體廢棄物處理與資源化利用等領域取得了若干創新性成果。現有9個研究組、38名科研人員，其中研究員14人，國家杰出青年基金獲得者1人。
生物中心的前身是微生物室和植物資源室。以微生物，昆蟲，苔蘚，菌物、植物資源的收集、分類，保藏、管理為基礎，利用先進的生物技術手段和平臺，開展生物資源的采集、系統進化、分類、應用開發與資源共享等方面的基礎與應用基礎研究工作。中心現有10個學科組，職工32人，其中研究員10人。
景觀生態與區域規劃研究中心的前身是景觀生態學研究室，成立于1987年，是我國最早成立的景觀生態學研究實體。中心通過3S技術、景觀指數、景觀模型、空間統計以及野外調查與實驗手段，主要針對森林景觀、城市景觀、濕地景觀等，開展景觀格局與生態過程、氣候變化與干擾、景觀結構與生態功能開展科學研究。現有5個研究組，職工27人，其中研究員8人，國家優秀青年基金獲得者1人。
